方從哲

出仕前的早年經歷已不可考。從哲於萬曆十一年中進士，名列二甲。在翰林院任編修時文筆突出，多篇文章被首輔王錫爵收入文選，以為模範。講學東宮，曾多次上書神宗，維護太子（后之明光宗）的地位。轉從四品朝列大夫，為國子監的司業、祭酒，又上書神宗，請求不要再開礦收稅（東林與浙黨都希望如此）。不久因為司禮監秉筆太監田義讓做監生的侄子走後門當官，被從哲拒絕，就放話要整從哲（“若不愛官耶”），於是從哲辭職在家閑居。

在家十多年，從哲交遊很廣，聲望日隆。東林老前輩葉向高很看重他，先後舉薦他續修玉牒、出任禮部左侍郎兼翰林院侍讀學士。但從哲未就。

萬曆四十一年按例舉行會試。但此時朝政日非，缺官嚴重，竟然找不到能充當主考的人。於是葉向高又舉薦在家的方從哲出任禮部右侍郎，權副主考官。葉四次上書，明神宗仍不決。但關鍵時刻，他又突然下中旨，委任從哲為吏部左侍郎，輔佐葉向高主考會試。

結果因為中旨與吏部的會推結果不合，引起言官們反對。從哲於是告退，但是神宗堅決這樣任命。

方從哲居家十五年，一出山就引起風波，預告了他之後艱難的首輔之旅。

當時內閣葉向高也是一人獨相，他上書75次要求增補閣臣，都如泥牛入海。

然而方從哲出山後，神宗似乎找到了理想人選，於是下令立即增補。同年九月，下令從哲與前禮部左侍郎吳道南同加禮部尚書、東閣大學士，入閣為相。吳道南暫時未入京，因此由方、葉二人輔政。

方從哲雖然多年在野，但他因為秉公直諫，敢於對抗宦官，且與朝廷當時的黨爭牽連較小，在當時聲望很高。

然而由於黨爭、缺員和閣權的不確定性，當時的朝政已今非昔比，不像前任們那麼容易處理了。大明實際上已經危機四伏。次年，葉向高由於老病，請求歸家。當時輿論多歸於東林人物沈鯉。方從哲於是也投桃報李，追隨大流，請求讓沈入閣為 首相。然而神宗不納。

於是方從哲在莫名其妙的情況下成為了大明首輔，接過葉向高的班，一人獨相。

其間吳道南於萬曆四十三年終於到京赴任，入參機務，然而旋即在四十五年因為前一年他主持會試時發生的科場舞弊案而自請辭職而去。因此，方從哲在整個萬曆後期基本上是一人獨相，勉強維持國家的運轉。

方從哲上任后，也頗想奮發有為。他多次上書言事，希望匡正朝廷。然而由於神宗無為，他的相權又大不如夏言-張居正時代的首輔們，他的努力終於歸於失敗。不過他始終為萬曆帝所信任，未嘗因為能言極諫而被斥。

當時建州尚未崛起，大明面臨以下三大問題：

一、地方飢荒。

由於小冰河時期開始，地方多處災荒。加之土地兼并嚴重，大明又開始出現下層騷動。

二、百官缺員。

萬曆期間，百官缺員。而眾多進士等候補官員則屢候不補，形成巨大的社會不安定因素。

葉向高去國后，曾疏曰：「今六部止有五人，都察院遂至空署。」且「候補科道久者二三年，近亦數月，旅食長安，茫無職事，銷向用之心傷，平政之明所宜即行。」候補官員期待真除，卻求之不得，故向高嘆曰：「官既困於無憑，地方又困於無官，政體之虧莫此為甚。」

三、榷稅之政。

當時國家不開礦、不槯稅，似乎已經無力維持財政運轉（萬曆25年到萬曆34年間，每年上繳礦稅收穫就平均有白銀50萬兩、黃金13000兩）。而且這種工商業稅收自然有其正當性（以前對商人幾乎無正稅）。

但是這種絕對主義統治者對於資本主義萌芽利益的分享要求，嚴重妨礙了資本主義萌芽的原始積累（雖然當時無人認識到這一點），自然引發大商人階層（就中國實際情況而言，同時也往往兼是大地主）和代表他們利益的許多官僚的激烈反彈。加上監稅太監又擾民甚厲。此事已變成一個嚴重的社會和政治問題。

東林的重要資助者有通州商人（李三才的背後）和蘇南工場主，於是借“天人感應”之說強烈反對榷稅和礦稅。

而浙黨雖然也有反對的動機，但出於自身是執政黨，需要穩定國家財政的考量，實際上是採取一種希望改革與妥協的態度。

方從哲當時對這三個問題都有所應對。

以第一個問題為例子，他擬訂了三個解決辦法。

（1）發帑：

為解決地方因災荒所造成的財政問題，從哲建議神宗速發帑以賑災。從哲亦知神宗愛財，故言「發帑出自特恩……其分數多寡，應候聖裁。」然而，神宗始終不允發帑。

（2）開倉：

由於水旱災以及蝗蟲肆虐，影響糧食生產，故方從哲奏言：至於應徵各項錢糧，當蠲者蠲，當緩者緩，當折者折，及發臨德倉糧。分給被災州縣，聽其便宜買，俱行戶部酌議外，惟是急發通倉米數萬石，以分賑鄰近處所，則朝奉旨而饑民可夕受其惠，此救焚拯溺之第一。希望妥善運用倉糧，就近配發賑災，以解受災地方燃眉之急。

這一點往往因為地方官員的貪墨而收效不佳。

（3）免稅停徵：

對於災民的沉重負擔，方從哲建議以「免稅停徵」來解決。從哲曰：令撫按諸臣，亟行賑濟，其罷免六府包稅，如撫按所請，停徵改折，當年錢糧，如本省諸臣所奏，亦乞勑下戶部，速為議覆。庶明旨一宣，人心胥悅，群情定，而賊黨自攜。

期望能夠「停徵改折」，以茲賑濟災民，以一時之權宜，來安撫地方的動蕩不安，進而弭平地方嚴重的盜情，然而神宗未置可否。

然而在萬曆四十三年的山東大飢荒（參見亓詩教）中，開倉與免稅還是大量救濟了災民，也讓方內閣的威望達到高潮。

（4）補地方官吏：

地方災荒，首先必須面對的是地方大僚，而神宗末年缺官嚴重，故地方賑災無人，將釀大禍。故從哲勸言：因思湖廣、河南、及江西、福建四省巡撫，一時俱缺，彈壓無人，萬一饑民嘯呼，倭虜響應，中原腹心之地，大有可虞。希望早補大僚，以絕亂象，而神宗對此亦不予理會。

地方的災荒與動亂，已使中央與地方廷臣焦頭濫額，而神宗仍泰然自若，方從哲亦無可奈何。直到萬曆末期，情況才好轉。

其他如補官、罷監、立儲等事，也大多如此。神宗面對批評，大率“虛心接受，堅決不改”。從哲只能多次乞休、裝病，但由於萬曆皇帝的堅持以及家居京師，無法逃遁，所以最終只能妥協。

方從哲在危難的局勢中，憑藉本不充分的才幹和經驗，勉強維持著這個帝國的運轉。

方從哲大拜以來，遼東缺餉，一如各鎮。李成梁、李如松父子去任后，邊防逐步敗壞。建州女真在萬曆三十年開始，逐漸興起，騷擾地方。

李成梁再次鎮遼后，於萬曆三十四年放棄早年自己修建的寬奠（今遼寧省寬甸）等堡，並開馬市等，一度緩和了邊事，但卻為將來埋下了更大的後患。方從哲上任后，繼續前任政策，信用李家將，聽任遼軍私兵化，以為守邊之策。

然而萬曆四十三年，九十三歲的李成梁去世。此時遼軍已經變成將領的封建私兵，“成梁諸戰功率藉健兒。其後健兒李平胡、李寧、李興、秦得倚、孫守廉輩皆富貴，擁專城，暮氣難振。”軍餉不足，加上將領吃空餉，軍戶們紛紛破產逃亡。遼軍已經不堪一戰。

一年後即萬曆四十四年，「奴兒哈赤（即努爾哈赤，下同）號后金國汗，建元天命。」奴兒哈赤的稱帝，使明朝意識到遼東防衛的重要性，因此廷臣紛紛提出建言，並屢奏遼東急缺軍餉。

方從哲亦疏請曰：「今缺餉至於數月，諸軍飢不得食，寒不得衣。……宜速發內帑數十萬，先盡該鎮，次及九邊，用以抒燃眉之憂。」並幾次杜門以示態度堅決。

由於邊鎮的缺餉，群臣要求神宗發內帑的呼聲越高，直至萬曆四十四年十月，神宗方對此作出回應，允諾發出太后積儲銀三十萬兩，其餘軍餉則交由戶部會同兵部議借。

然而遼東局勢瞬息萬變，至萬曆四十六年四月十三日，奴兒哈赤以“七大恨”告天，遂正式與明朝決裂。

萬曆四十六年四月十五日凌晨，奴兒哈赤突襲撫順，四月二十一日，奴兒哈赤佯退所部之軍隊，引誘明軍深入后夾攻之。結果造成副總兵頗廷相（？~1618）、游擊梁汝貴（？~1618）相繼戰死。七月二十二日，奴兒哈赤圍攻清河，雖有游擊鄒儲賢力戰，最後清河仍失陷。

三個月之間，遼東邊牆第一線的重要堡壘接連丟失，遼東的局勢對明朝而言，將更為嚴峻。

此時，正為神宗“虛心接受，堅決不改”態度而頭痛的方從哲，亦倍感邊事日重，故曾經奏言：「軍國重事，斷非病夫綿力所能承擔，茲者邊報紛紜，日繁聖聽，如臣寡昧，何能運一籌、決一策，以紓九重霄旰之憂。」希望能夠去位讓賢，並以補閣臣、補大僚、補言官、發帑金四事以請，然而奏疏均為神宗留中。

不過面對為難局勢，神宗還是有所振作。畢竟此時形勢已無法讓他無為而治下去。

萬曆四十六年五月二十七日，由兵部召開的九卿科道會議后，楊鎬成為遼東經略，其餘大員也陸續詔用。包括「詔總督侍郎汪可受先出關，代李維翰駐遼陽，保定撫臣駐易州，御史陳王庭代楊一桂巡按遼東，以廢將李如柏總遼鎮兵，及征廢將杜松屯山海關，劉綎、柴國柱等赴京聽用。」25

不過主要佐理楊鎬弭平奴兒哈赤的將領，分別為李如柏、杜松、馬林、劉綎等四員。

兵力方面，雖然已接連損兵折將，但“主客兵丁，各四萬有奇”，不久川陝強兵相繼援遼，總兵力達到10多萬（一說13萬）。建州叛軍方面，總兵力10萬有餘，戰兵大約4萬人。明軍似乎佔有一定優勢。

雖然如此，但明軍將領離心，上下解體；軍餉欠發，兵多虛報；器械不修，情報外瀉，可謂隱患重重。

舉例而言：當時楊鎬的計劃，交眾人先商議然後定，以至於邸報上竟白紙黑字寫出“XX將率大兵XX萬，從XX出師，往XX地方”，雖然在己方實力上或有所誇大，但是總體計劃暴露無疑。以至於當時並不參與機密的徐光啟（正遭訐，稱病去職，屯耕於天津）也能看到，還寫信給朋友稱敵人必然將四路大軍各個擊破，“當之者必杜將軍也”（4）。其他可知！叛軍不用像有的書上記載那樣由楊鎬或李如柏小妾告知，就可以輕鬆得到情報，制定相應方略。

結果自不待言，萬曆四十七年二月九萬大軍兵出邊牆，圍攻赫圖阿拉。之後雙方爆發薩爾滸戰役，明軍被各個擊破，88550餘名出陣官兵損失46000餘人。隨征的朝鮮軍全軍覆滅。

至此，全國震動，方從哲的上書稱“自有遼東警報以來，大小臣工無不駭愕，而民間尤甚。加以山海關，又有虜報，人心愈益恐怖，訛言四起，各思奔竄。官吏士民以及商賈，向寓京師者率多，攜家避難而去，且邇來四方饑民就食來京者，不知幾千萬”。350萬兩白銀的軍費，也隨著戰鬥的失敗打了水漂。

其後，經過方從哲等人會推，楚黨人士，東林在言路的死敵之一，曾任遼東巡按的熊廷弼出任遼東經略，局勢逐步穩定。

方從哲在此次會戰過程中，本來稱病在家。他對於這次作戰的影響，主要有二：

1、請發軍餉。

萬曆四十六年四月方從哲奏請「速下章奏、發帑金。」至於應軍餉的具體數量，萬曆四十六年五月，廷臣會議遼事時，「先議糧餉一百萬兩，太倉、太僕、工部合得五十萬兩，此外五十萬兩，不能不仰望於內帑。」為此，首輔方從哲曾奏請神宗：發內帑銀五十萬，共成百萬，以充援兵之費。此但為一時防禦計，未嘗議及大舉也。」故當時籌措軍餉，以達銀百萬兩為目標，尚勉強能充援兵之費。然而當時國庫缺餉，黃克纘在〈與閣下方相公〉，信中曾云：「南都積貯無幾，而戶、兵二部借至三十五萬，幾於倒藏而出矣，南戶部此時僅銀二十三萬餘兩，借出二十萬，則旦夕之間，無銀給軍。」

而當時神宗暫發帑金十萬應急，從哲認為神宗所發帑金十萬之舉，雖人心感激，然杯水車薪，希望再撥內庫盈餘，以應軍需。然神宗隨即傳諭內閣以內庫不足，予以拒絕。其後方從哲雖屢疏奏請發帑，甚至親赴宮門求見神宗，仍然不得見。

2、催促進兵。

當時一線將領多認為準備不夠充分。但是朝議時唯恐用兵過久，影響國家財政，希冀速戰速決。而趙興邦等人，又不知用兵之法，因此發紅旗促戰，且方從哲寫信催促楊鎬，於是雙方大戰提前展開。

這一點歷來為人詬病，加上此後從哲力保兵科給事中趙興邦，引發東林眾人攻擊。但是考慮到當時財政的困難（見上文1、請發軍餉），這一點也是無可奈何的行為。

然而無論如何，遼東的失敗方從哲作為當局宰相，不可能不負責，因此他一度引咎，但再次未獲批准。此舉遭到了更大規模的攻擊。方從哲的聲望，開始大大下降。

萬曆四十六年，就是撫順失守的那一年，也就是黨爭大亂斗高潮前一年，方從哲意外後院起火。他的長子，大明尚寶局丞（蔭官）方世鴻被牽涉入一宗殺人命案。

方世鴻是方從哲長子，他因父得一閑官，不學無術，淪為一京城浪子。在狎妓時牽涉入妓女墜馬身亡事件。因此被巡城御史彈劾而撤職。當時人們傳言妓女是被他打死的，因而議論紛紛。

方從哲「以子世鴻，被西城御史薛貞（后附閹黨，為刑部尚書，崇禎時坐閹黨處死），以地方人命事參論。」欲引咎辭職。

神宗諭之曰：卿子以詿誤被參，既經相驗的系馬驚跌傷，供證甚明，非因毆斃。著法司從公理問，方今國事殷繁，閣務重大，倚毗方切，豈得以子情，引咎求去。夫朕眷倚至意，卿宜仰體朕衷，速出入閣輔理，以成君臣泰交之義，不必再有托陳。

故從哲繼續留任。但此事使得他的形象受損，威信大大下降。

此事與遼事作為一個標誌，象徵著在萬曆四十三年救濟山東大飢荒時達到鼎盛的方內閣威望，從此開始走下坡路。

方從哲本來是一個下野老夫子，似乎不應該牽扯進黨爭。但明末黨爭酷烈，他也不能倖免。

當時沈一貫在位時期組織的“浙黨”集團仍然存在，並在攻倒李三才的鬥爭中獲得勝利。從而使得東林方面的形勢惡化起來，令葉向高不安其位，才會急於辭職。但是交換條件卻是推出雙方都可以接受的在野老夫子方從哲出來主事。

但是儘管方從哲勉強想保持中立，但形勢的變化讓他很快就發現，自己不得不陷入黨爭的旋渦。當時言官行徑跋扈，對於方從哲的批評十分嚴厲，尤其票擬一事，不論是捍衛票擬權的態度，或是票擬的內容，均遭言官予以論劾。在這種情況下，方雖然力求公允，但是也不得不依靠自己的“黨人”來維持基本的統治權。實際上深陷黨爭的泥潭，無法自拔。

方從哲雖然起初屬於無黨派人士，但他曾任國子監司業、祭酒，門生眾多，因此自然極容易運用師生間的人脈關係，來建立起政治網路。實際上，在他出山以前，其門人，擔任給事中的亓詩教就已經組織了齊黨。由於亓資歷較淺，為了能夠達成擴張勢力，就力推從哲出山。

葉向高《蘧編》曾記曰：“趙公（趙世卿）既（因為“楚宗案”中死保浙黨沈一貫而）去，齊人多咎余（葉向高）。而亓君文，中涵方公（方從哲）之門生，姚給事中永濟私語余，亓君意無他，但欲啟其座師耳，座師用，則自解矣。余向極力推轂方公，不得請。其後方公起家吏侍，副余主考至大拜，而亓猶攻余不止，蓋必欲方公居首揆耳。當亓、吳疏上，余引咎求去。”這時是萬曆四十年，亓詩教希望重啟里居山林已久的方從哲，藉由他們之間座主與門生的關係，在政治上可互為奧援。而詩教在從哲任閣臣后，依然批評葉向高如故，主要是想讓座師方從哲，取代葉向高，進而擔任首輔一職。

歷來人們都說從哲是浙黨，其實盡不然，他久居京師，除了門生外，主要組織順天人為自己的人脈網路。而沈一貫的“浙黨”比如趙煥等，則盟友而已。

萬曆四十三年，神宗用趙煥為吏部尚書，採納趙煥的意見，各部各任命侍郎4人，又考選補充給事中17人，御史50人，言路稱盛。但東林仍然肘制一切，主要原因除了與浙黨的舊恨以外還有“庚戍之榜（萬曆三十八年）”進士待遇差別的問題。蓋同年進士皆大才之人，而周永春、韓浚因是齊人，入“齊黨”而大用。其他數人亦“急於富貴”（夏允彝語），因而不滿，轉投東林為骨幹（如錢謙益）。

因此，到萬曆四十五年，三黨結盟達到高潮，於是決定徹底清洗東林。

自從萬曆二十一年“癸巳京察”開始，東林就開始利用京察清洗異己。當時吏部考功司的郎中東林元老趙南星竟然公開宣稱：“內察之典，六年一舉，君子疾邪，小人報怨，皆於此時。以言者之意，就當俎者之意，如詩之斷章，各取所求。”

東林如此做派，當然要自食其果。

“丁巳察典，部院大臣之秉成者，鄭繼之、李志也。”鄭繼之是當時的吏部尚書，而李志則是刑部尚書兼署都察院事。此外主察者尚有考功司郎中趙士諤、吏科署科事左給事中徐紹吉、掌河南道印御史韓浚。

吏部尚書鄭繼之，文秉的《定陵注略》中曾云：“鄭繼之楚人也，時楚方與浙、齊合，故掖縣（趙煥）去，而特擁戴鄭繼其位，鄭之烈焰較掖縣更為甚矣。”

而另一位掌主察者，河南道掌印御史韓浚，則被歸為“齊黨”。由於兩位主察之大吏，均有鮮明的黨派背景，因此京察還未開始，門戶互持的態勢，就已十分明顯了。

結果當然是不問可知，自兵部尚書王象乾以下眾多官員受到調查，太常寺少卿丁啟浚、禮部署部事右侍郎孫慎行等東林要人都被處分或逼走。東林黨幾乎被從朝中一掃而空。

然而由於劾及浙黨的一些幹將，齊黨、浙黨之間也是漸行漸遠。齊黨的行為，過於露骨，引發許多中立人士的反感，使得自己逐步被孤立，為東林用汪文言策反攻創造了條件。

在這一系列殘酷黨爭中，方從哲居首輔，仍然欲調和雙方。如會推閣員的風波中，三黨內訌，左光斗等東林與楚黨結盟反攻齊黨，兩方的互訐，均歸責於方從哲。當此關鍵時刻，從哲仍然奏辨：“願諸臣各捐成心，共扶公道，乞將前後奏章，勑下部院，虛心詳勘，分別是非。”

雖然一直居中秉公，端平行事但從哲因與亓詩教的密切關聯，立場逐漸已受到了大家的公開質疑。

不過考慮到方從哲的性格和當時他權威的低下，他也未必能夠阻止黨爭的發展。

葉珍在《明紀編余》曾言：

“庸相方從哲獨居政府，（神宗）若喜其無能也而安之。然輔臣不能持政，而台省持之。於是亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣輩，稱為當關虎豹，凡中外之得選為台省，皆寢不發。舊台省更得以籠致後進，必入其黨矣。”

葉珍的話雖然偏頗，但也道出方從哲執政之時，首輔權輕的情形，也因此使朝政由言官所操持，而從哲要勉強維持朝廷，也不能不與這些言官互為奧援，遷就他們排斥異己的行為。

京察前後的種種事態表明，齊黨自居執政黨的做法，引發了執政聯盟——三黨內部的其他兩黨的不滿。由於共同的敵人——東林看上去已經肅清（他們全然不考量方從哲的處境和努力），於是他們就內訌起來。齊黨和浙黨為了會推名單吵個不停，楚黨則在老祖宗張居正的評價問題上和其他兩黨鬧翻天。

執政聯盟的內訌給了東林“君子”們翻盤的機會。利用無賴監生汪文言傑出的政治活動能力，新一代東林黨人已經悄悄開始準備翻盤了。他們的具體實踐就是三案風波。

三案就是三個看上去與“國本”有關，實際上是被東林黨人為誇大或根本就是認為製造出來的政治事件。這種政治鬥爭手法，和京察一樣，早已被東林黨人發明。它起於前後兩次妖書案。當時東林和浙黨都玩弄這種伎倆，製造政治風波，把往對方為文人官僚集團一致反對的鄭貴妃/福王集團身上扯。互相指責對方是受到福王集團指使，企圖動搖國本。以此來搶佔道德制高點，打擊對方。

雖然東林在“妖書案”中被浙黨出身的首輔沈一貫成功反客為主，予以痛擊。但是他們吸取了經驗教訓，準備捲土重來。

早在萬曆四十三年，新生代東林黨人就企圖一舉同時扳倒三黨和他們所仇恨的內宮鄭貴妃派系。因此發動了“梃擊案”。

挺擊案原本很簡單，農民張差裝若瘋癲，手持木棒企圖打入東宮。此案在當時特定的政治環境中當然很容易讓人聯想到政治陰謀。第一次審理認為張差系“瘋癲之人”以後，內閣也比較謹慎，當時方從哲與吳道南都在閣中，於是聯合上奏：

本月初五日蒙發下皇太子一本，有不知姓名人撞入慈慶宮門，將守門內官打傷，臣等不勝驚駭。但細詳本犯，言語半吞半吐，含糊不明，遽難憑信，其果否有病，及有無別項情節，在刑部自當研審，明確不至枉縱。

之後，王之寀等人卻突然奏報張差翻供，稱是鄭貴妃身邊太監唆使。然後東林言官紛紛蜂起，攻擊鄭家悖逆不法，同時又攻擊內閣維護太子不力。然後執政三黨的言官也紛紛反擊。內閣此時對於朝局喪失控制力。

此時不論是神宗或閣臣，皆意識到「梃擊案」經王之寀一揭發，已在政壇引起極大的震撼。如不及時打住，必將牽連甚廣。

於是神宗也不得不出面調和各方。萬曆四十三年五月二十八日巳刻，久不上朝的神宗突然召集眾臣。他在朝會上表示自己親愛太子，而福王已經就藩，以此安撫眾人，給東林台階下。而東林方面，此時也已主動偃旗息鼓。只有非東林的御史劉光復出來大罵皇帝騙挺杖，以示仍有意見保留者。

此次事件中東林溫和派的轉向對於爭議的解決十分關鍵。如後來東林溫和派大老、帝師、民族英雄孫承宗就向內閣建言案情不可深究。錢謙益（1582 -1644）在孫承宗（1563-1638）的行狀中曾述：

東宮有「梃擊」之變，御史劉廷元以風癲蔽其獄，閣臣吳道南密以諮公（承宗）。公曰：「事關東宮，不可不問；事關皇宮，不可深問。龐保、劉成而下，不可不問也；龐保、劉成而上，不可深問也。獨皇上能了此，須中堂（閣臣）密揭啟之耳。」道南謝曰：「謹受教。」經承宗之建言，閣臣亦從其言，而梃擊之獄遂定之。

這是真正政治家的見識。

然而黨爭並未由此消弭。三黨見識到了東林勢力未消，於是意圖將其一網打盡。而東林也意識到翻盤時機並未成熟，才暫時收斂。

方從哲在這次事件中如履薄冰，與吳道南一道為防止擴大化作了些努力。但是他懦弱不決、過分希望平衡各方（他此後還多次冒著觸怒神宗的風險上書營救犧牲品劉光復。事見《明神宗實錄》）的毛病已經顯露出來，政治手腕明顯不如沈一貫有力。這一缺點被東林看破，並成為東林後來兩案中所應用。

他希望各方妥協的態度，後來也被東林歪曲為“結交鄭氏”。

神宗疾大漸，召方從哲等人入弘德殿，顧命輔佐新君，「勉以用心辦事」，並諭內閣：「皇太子青宮有年，實賴卿與司禮監，協心輔佐，遵守祖制，保固皇圖，卿功在社稷，萬世不泯。」神宗駕崩后，光宗即位。光宗先報答了對自己鼎立支持自己即位的各黨臣工；然後各黨參用，增補官僚，力圖團結一切，有所作為。

但是他不久就因病去世，其間本來是眾人共見，並無什麼疑點，但是東林卻有意製造出紅丸案，企圖一舉扳倒方內閣。

東林新生代楊漣和僉都御史左光斗等人攻擊方從哲1、引薦、賞賜李可灼。2、未加以預防。3、與鄭家勾結。除賞賜李可灼確系方從哲所為外，其餘都是莫須有之辭。但是由於挺方勢力已經崩壞，方內閣的威信開始迅速瓦解。

光宗方死，東林就逼迫寵妃李選侍移宮，以達到控制新君的目的，其間幾度作秀。

方從哲終於不甘再庸碌無為，向東林步步退讓，於是他決心奉光宗顧命，保一下李選侍，不料又招來東林攻擊而無法抵禦。最後不得不和東林妥協。

但是東林又抓住機會反攻，指責方：1、收受賄賂。2、態度遲疑。3、干預移宮。直指他是鄭黨，企圖謀大逆，並把此事與“紅丸案”聯繫起來。孫慎行、惠世揚等東林黨人猛烈攻擊從哲，欲致之死地。

但方從哲的勢力雖然無法與東林抗衡下去，但畢竟還未完全崩潰。於是借著六月中重新調查三案的契機，東林溫和派和從哲完成了政治交易，用一個“眾臣皆有罪”的較公正結論換取方辭職。實際上是給方一個台階下。

自知已經失去平衡器功能，於朝局無補的方從哲，於是辭職，換來身家平安。

東林憑藉“三案”黨爭，一舉打倒其他勢力，得以獨攬乾坤。

在韓爌等人調解說和下度過最大難關后，方從哲即順驢下坡，投桃報李，主動提出要求下野。泰昌元年十一月三、二十日，他連續兩次上書乞休。明熹宗按例慰留之。不過此時從哲去職已經是各派共識。因此至十二月二十八日，皇帝終於批准。

熹宗傳諭曰：“（方從哲）竭誠調護，勞者三朝（神宗、光宗、熹宗），從來未有。朕眷任耆舊，倚賴方殷，卿乃連朝乞身，情詞迫切，勉從所請，成卿雅志”。並著命，“新任職銜，進中極殿大學士，就第賜銀一百兩，彩叚四表裡，大紅紵絲坐蟒衣一襲，仍准補六年考滿。”方從哲雖在「三案」后，飽受廷臣批評和東林攻擊，然而皇帝仍然禮遇從哲，讓他由行人護送歸籍。

之後，言路對方從哲的攻擊，也因方從哲乞休獲准，而暫時停止。

他下台後，東林黨任用袁應泰、王化貞（後轉投閹黨）取代熊廷弼。主掌遼東，先後釀成遼瀋和廣寧兩次大敗，遼東明軍全部覆滅。

閹黨當權，反撲東林，編成《三朝要典》，其中對方從哲多有維護。原本攻擊方從哲，企圖置他於死地的東林黨新貴也報應來到，紛紛被殺被罷。之後，已經投靠閹黨的同年徐大化請他東山再起，企圖依靠他來重整三黨，對抗魏客集團，從而達到自己的目的。但老練的方從哲看出這是一灘渾水，萬萬踩不得，並且他和東林溫和派還保持著默契，因此徐大化的建議被他嚴詞拒絕。不久魏忠賢察覺了徐的企圖，將其革職。

崇禎元年卒。贈太傅（一說太師），謚文端。

嘔心瀝血的方從哲本來是各黨妥協所推舉出來的一個人物，本身並沒有充分的能力來解決當時面臨的種種問題。他所做的只能是協調各方，並勉強維持局面。然而時運不佳，當此天災（小冰河時期）人禍（奴爾哈赤崛起遼東）黨爭之時，方從哲終於不能有所作為，僅僅是勉強保全自己，最後落得“明亡首罪從哲”的評價，實在是無奈。

從哲本人有協調之才，辦事能夠集思廣益，為人老成大度，政治品德也不差，實在是一個循吏。如果在一個太平盛世，或許能做一個好宰相。但不幸遭逢此末世，他終於因為自己懦弱寡斷，不能匡正時局，使得大明走向沒落。

明朝滅亡，他作為任內種種危機逐漸爆發的首輔，當然有責任。但他畢竟已經盡了自己的力量，他的悲哀，大概就是被黨爭推上了自己不能勝任的寶座，而自己又無法離開吧。

當他終於能卸任的時候，想必他也鬆了一口氣，雖然即使如此這一次的退休生活也不會再和那十五年優遊林下的日子一樣輕鬆了。

方從哲，字中涵，其先德清人。隸籍錦衣衛，家京師。從哲登萬曆十一年進士，授庶吉士，屢遷國子祭酒。請告家居，久不出，時頗稱其恬雅。大學士葉向高請用為禮部右侍郎，不報。中旨起吏部左侍郎。為給事中李成名所劾，求罷，不允。

四十一年，拜禮部尚書兼東閣大學士，與吳道南並命。時道南在籍，向高為首輔，政事多決於向高。向高去國，從哲遂獨相。請召還舊輔沈鯉，不允。御史錢春劾其容悅，從哲乞罷。帝優旨慰留。未幾，道南至。會張差梃擊事起，刑部以瘋癲蔽獄。王之寀鉤得其情，龐保、劉成等跡始露。從哲偕道南斥之寀言謬妄，帝納之。道南為言路所詆，求去者經歲，以母憂歸。從哲復獨相，即疏請推補閣臣。自后每月必請。帝以一人足辦，迄不增置。

從哲性柔懦，不能任大事。時東宮久輟講，瑞王婚禮逾期，惠王、桂王未擇配，福府莊田遣中使督賦，又議令鬻鹽，中旨命呂貴督織造，駙馬王昺以救劉光復褫冠帶，山東盜起，災異數見，言官翟鳳翀、郭尚賓以直言貶，帝遣中使令工部侍郎林如楚繕修咸安營，宣府缺餉數月，從哲皆上疏力言，帝多不聽。而從哲有內援，以名爭而已，實將順帝意，無所匡正。

向高秉政時，黨論鼎沸。言路交通銓部，指清流為東林，逐之殆盡。及從哲秉政，言路已無正人，黨論漸息。丁巳京察，盡斥東林，且及林居者。齊、楚、浙三黨鼎立，務搏擊清流。齊人亓詩教，從哲門生，勢尤張。從哲昵群小，而帝怠荒亦益甚。畿輔、山東、山西、河南、江西及大江南北相繼告災，疏皆不發。舊制，給事中五十餘員，御史百餘員。至是六科止四人，而五科印無所屬；十三道止五人，一人領數職。在外巡按率不得代。六部堂上官僅四五人，都御史數年空署，督撫監司亦屢缺不補。文武大選、急選官及四方教職，積數千人，以吏、兵二科缺掌印不畫憑，久滯都下，時攀執政輿哀訴。詔獄囚以理刑無人不決遣，家屬聚號長安門。職業盡弛，上下解體。

四十六年四月，大清兵克撫順，朝野震驚。帝初頗憂懼，章奏時下，不數月泄泄如故。從哲子世鴻殺人，巡城御史劾之。從哲乞罷，不允。長星見東南，長二丈，廣尺余，十有九日而滅。是日京師地震。從哲言：“妖象怪徵，層見疊出，除臣奉職無狀痛自修省外，望陛下大奮乾綱，與天下更始。”朝士雜然笑之。帝亦不省。御史熊化以時事多艱、佐理無效劾從哲，乞用災異策免。從哲懇求罷，堅卧四十餘日，閣中虛無人。帝慰留再三，乃起視事。明年二月，楊鎬四路出師，兵科給事中趙興邦用紅旗督戰，師大敗。禮部主事夏嘉遇謂遼事之壞，由興邦及從哲庇李維翰所致，兩疏劾之。眾哲求罷，不敢入閣，視事於朝房。帝優旨懇留，乃復故，而反擢興邦為太常少卿。未幾，大清兵連克開原、鐵嶺。廷臣於文華門拜疏，立請批發，又候旨思善門，皆不報。從哲乃叩首仁德門跪俟俞旨，帝終不報。俄請帝出御文華殿，召見群臣，面商戰守方略。亦不報。請補閣臣疏十上，情極哀，始命廷推。及推上，又不用。從哲復連請，乃簡用史繼偕、沈紘，疏仍留中，終帝世寢不下。御史張新詔劾從哲諸所疏揭，委罪群父，誑言欺人，祖宗二百年金甌壞從哲手。御史蕭毅中、劉蔚、周方鑒、楊春茂、王尊德、左光斗，山西參政徐如翰亦交章擊之。從哲連疏自明，且乞罷。帝皆不問。自劉光復系獄，從哲論救數十疏。帝特釋為民，而用人行政諸章奏終不發。帝有疾數月。會皇后崩，從哲哭臨畢，請至榻前起居。召見弘德殿，跪語良久，因請補閣臣，用大僚，下台諫命。帝許之，乃叩頭出。帝素惡言官，前此考選除授者，率候命二三年，及是候八年。從哲請至數十疏，竟不下。帝自以海宇承平，官不必備，有意損之。及遼左軍興，又不欲矯前失，行之如舊。從哲獨秉國成，卒無所匡救。又用姚宗文閱遼東，齮經略熊廷弼去，遼陽遂失。論者謂明之亡，神宗實基之，而從哲其罪首也。

四十八年七月丙子朔，帝不豫，十有七日大漸。外廷憂危，從哲偕九卿台諫詣思善門問安。越二日，召從哲及尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、黃克纘等受顧命。又二日，乃崩。八月丙午朔，光宗嗣位。鄭貴妃以前福王故，懼帝銜之，進珠玉及侍姬八人啖帝。選侍李氏最得帝寵，貴妃因請立選侍為皇后，選侍亦為貴妃求封太后。帝已於乙卯得疾，丁巳力疾御門，命從哲封貴妃為皇太后，從哲遽以命禮部。侍郎孫如游力爭，事乃止。辛酉，帝不視朝，從哲偕廷臣詣宮門問安。時都下紛言中官崔文升進泄葯，帝由此委頓，而帝傳諭有“頭目眩暈，身體軟弱，不能動履”語，群情益疑駭。給事中楊漣劾文升，並及從哲。刑部主事孫朝肅、徐儀世、御史鄭宗周並上書從哲，請保護聖體，速建儲貳。從哲候安，因言進葯宜慎。帝褒答之。戊辰，新閣臣劉一燝、韓爌入直，帝疾已殆。辛未，召從哲、一燝、爌，英國公張惟賢，吏部尚書周嘉謨，戶部尚書李汝華，禮部侍郎署部事孫如游，刑部尚書黃克纘，左都御史張問達，給事中范濟世、楊漣，御史顧慥等至乾清宮。帝御東暖閣憑幾，皇長子、皇五子等皆侍。帝命諸臣前，從哲等因請慎醫藥。帝曰：“十餘日不進矣。”遂諭冊封選侍為皇貴妃。甲戌，復召諸臣，諭冊封事。從哲等請速建儲貳。帝顧皇長子曰：“卿等其輔為堯、舜。”又語及壽宮，從哲等以先帝山陵對。帝自指曰；“朕壽宮也。”諸臣皆泣。帝復問：“有鴻臚官進葯者安在？”從哲曰：“鴻臚寺丞李可灼自雲仙方，臣等未敢信。”帝命宣可灼至，趣和葯進，所謂紅丸者也。帝服訖，稱“忠臣”者再。諸臣出俟宮門外。頃之，中使傳上體平善。日晡，可灼出，言復進一丸。從哲等問狀，曰：“平善如前。”明日九月乙亥朔卯刻，帝崩。中外皆恨可灼甚，而從哲擬遺旨賚可灼銀幣。時李選侍居乾清宮，群臣入臨，諸閹閉宮門不許入。劉一燝、楊漣力拄之，得哭臨如禮，擁皇長子出居慈慶宮。從哲委蛇而已。初，鄭貴妃居乾清宮侍神宗疾，光宗即位猶未遷。尚書嘉謨責貴妃從子養性，乃遷慈寧宮。及光宗崩，而李選侍居乾清宮。給事中漣及御史左光斗念選侍嘗邀封后，非可令居乾清，以沖主付託也。於是議移宮，爭數日不決。從哲欲徐之。至登極前一日，一燝、爌邀從哲立宮門請，選侍乃移噦鸞宮。明日庚辰，熹宗即位。

先是，御史王安舜劾從哲輕薦狂醫，又賞之以自掩。從哲擬太子令旨，罰可灼俸一年。御史鄭宗周劾文升罪，請下法司，從哲擬令旨司禮察處。及御史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹珖，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺，先後上疏言：“可灼罪不容誅，從哲庇之，國法安在！”而給事中惠世揚直糾從哲十罪、三可殺。言：“從哲獨相七年，妨賢病國，罪一。驕蹇無禮，失誤哭臨，罪二。梃擊青宮，庇護奸黨，罪三。恣行胸臆，破壞絲綸，罪四。縱子殺人，蔑視憲典，罪五。阻抑言官，蔽壅耳目，罪六。陷城失律，寬議撫臣，罪七。馬上催戰，覆沒全師，罪八。徇私罔上，鼎鉉貽羞，罪九。代營榷稅，蠹國殃民，罪十。貴妃求封后，舉朝力爭，從哲依違兩可，當誅者一。李選侍乃鄭氏私人，抗凌聖母，飲恨而沒。從哲受劉遜、李進忠所盜美珠，欲封選侍為貴妃，又聽其久據乾清，當誅者二。崔文升用泄葯傷損先帝，諸臣論之，從哲擬脫罪，李可灼進劫葯，從哲擬賞賚，當誅者三。”疏入，責世楊輕詆。從哲累求去，皆慰留。已而張潑、袁化中、王允成等連劾之，皆不聽。其冬，給事中程注復劾之，從哲力求去，疏六上。命進中極殿大學士，賚銀幣、蟒衣，遣行人護歸。

天啟二年四月，禮部尚書孫慎行追論可灼進紅丸，斥從哲為弒逆。詔廷臣議。都御史鄒元標主慎行疏。從哲疏辨，自請削官階，投四裔。帝慰諭之。給事中魏大中以九卿議久稽，趣之上。廷臣多主慎行，罪從哲，惟刑部尚書黃克纘，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶百右從哲，而詹事公鼐持兩端。時大學士爌述進葯始末，為從哲解。於是吏部尚書張問達會戶部尚書汪應蛟合奏言：“進葯始末，臣等共聞見。輔臣視皇考疾，急迫倉皇，弒逆二字何忍言。但可灼非醫官，且非知脈知醫者。以葯嘗試，先帝龍馭即上升。從哲與臣等九卿未能止，均有罪，乃反賚可灼。及御史安舜有言，止令養病去，罰太輕，何以慰皇考，服中外。宜如從哲請，削其官階，為法任咎。至可灼罪不可勝誅，而文升當皇考哀感傷寒時，進大黃涼葯，罪又在可灼上。法皆宜顯僇，以泄公憤。”議上，可灼遣戍，文升放南京，而從哲不罪。無何，慎行引疾去。五年，魏忠賢輯“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三事為《三朝要典》，以傾正人，遂免可灼戍，命文升督漕運。其黨徐大化請起從哲，從哲不出。然一時請誅從哲者貶殺略盡矣。崇禎元年二月，從哲卒。贈太傅，謚文端。三月，下文升獄，戍南京。