理藩院

天命元年（1616年），后金勢力迅速擴張，與明形成對峙。努爾哈赤認為，剛剛崛起的后金要與大明抗衡，就必須與鄰近的漠南蒙古聯盟。努爾哈赤利用漠南蒙古內部分裂的弱點，採取了恩威並施的方針。對漠南蒙古的東部科爾沁和內喀爾喀等部落聯合爭取，凡率部歸順的一律從優款待，給以官職，並採取聯姻的政策，試圖把漠南蒙古納入后金的管轄範圍。天命十年（1625年），察哈爾部林丹汗發兵進攻科爾沁蒙古，努爾哈赤派兵前往救援，解救了危機。此後，蒙古科爾沁等部便脫離察哈爾汗管轄，主動歸順后金，成為努爾哈赤的屬臣。

皇太極上台後，為吸引更多蒙古部落前來歸順，巧妙利用蒙古各部落反抗察哈爾暴政的契機，採用政治鬥爭和軍事打擊的雙重手段，進一步孤立察哈爾汗，使后金與蒙古各部落緣由的簡單聯盟，最終演變成政治、軍事的全面同盟。清太宗就說過：“臣於諸國，懾之以兵，懷之以德，四境敵國，歸附甚眾…乃著，朝鮮素未輸城，今已稱弟納貢；喀爾喀五部舉國來歸；喀爾沁、土默特以及阿錄諸部落，無不臣服。察哈爾兄弟，其先歸者半，后察哈爾攜其餘眾，避我西奔，未至湯古忒部落，殂於西喇衛古爾部落打草灘地，其執政大臣率所屬盡來歸附。今為敵者，惟有明國耳。”

后金收服蒙古后，蒙古對清朝的入主中原也有提供了巨大幫助。清太祖努爾哈赤曾說過：“滿洲、蒙古，語言雖異，而衣食起居，無不相同，兄弟之國也”。可見，他一直都把蒙古當做自己對抗明朝的有力盟友。在努爾哈赤去世前，漠南蒙古的科爾沁、扎萊特、杜爾伯特、郭爾羅斯四部已先後和后金站在一起共同抗明。到順治初年，清與漠南蒙古諸部的關係發展的非常快。賞賜、聯姻頻頻實行，進一步密切了與漠南蒙古之間的關係，贏得了漠南蒙古的大力支持。正如魏源所說：“世祖當草創初，沖齡踐乍，中外帖然，繄蒙古外戚扈戴之力”。在清朝統一全國后，蒙古也一直與清朝保持著良好的臣屬關係，並以蒙古作為其駐守北部邊疆的藩障。康熙帝說：“帝王治天下，自有本原，不專恃險阻。秦築長城以來，漢、唐、宋亦常修理，其實豈無邊患？明末，我太祖統大兵長驅直入，諸路瓦解，皆莫敢當。可見，守國之道，惟在修德安民，民心悅則邦本得，而邊境自固，所謂眾志成城”“柔遠能邇之道，漢人全不理會。本朝不設邊防，以蒙古部落為之屏藩耳。”

康熙帝說：“朕閱經史，塞外蒙古多與中國抗衡，自汗。唐、宋、明，歷代俱被其害，而克宣威蒙古，並令歸心如我朝者，未之有也”。由此可見，后金與蒙古既是臣屬，又互為重要戰略合作夥伴，長期保持著良好關係，這點為理藩院的誕生提供了大的歷史環境。

崛起於東北的滿族首領努爾哈赤，起兵反明后，實力漸增，天命四年（1619年）薩爾滸之戰，努爾哈赤大敗明軍。努爾哈赤揚言：“不要幻想漢人政權是永久的，我是暫時的”， “南京、北京、汴京本非一人所居之地，乃女真、漢人輪流居住之地”，反映了他入主中原的願望。皇太極即位后，欲得中原的心情更為迫切。滿洲首領把進攻明朝、奪取中央政權定位基本政策，對明朝構成了巨大威脅。

當時，除了 中原地區的農民軍外，明朝、滿洲首領和漠南蒙古形成了鼎足之勢。在明政府和滿洲首領之間，漠南蒙古地理位置很重要，是緩衝地帶。漠南蒙古的向背，直接影響明朝政府和滿洲首領力量的消長。滿洲首領為了消除進取中原的後顧之憂，決心爭取和控制漠南蒙古。皇太極曾說：“取燕京如伐大樹，須先從兩旁斫削，則大樹自仆” 。清代理藩院的設置的目的，正是為滿足滿洲首領為“砍倒”明朝這顆大樹，以便進取中原而採取的戰略措施，也是滿洲首領為進取中原而與漠南蒙古關係發展的必然趨勢。從一定意義上來說，理藩院就是為滿洲首領為了更好得控制和管理蒙古所設，目的是為了更快地進取中原。

努爾哈赤去世前，漠南蒙古科爾沁、扎萊特、特爾波特、郭爾羅斯四部已經歸順，但是由於當時還存在察哈爾和林丹汗的力量，漠南蒙古諸多 部落又未歸順，努爾哈赤設置專管蒙古行政機構條件還不成熟。從以科爾沁為首的蒙古諸部落歸順后金至天聰五年（1631年），后金一直未設立管理其他民族的統治機構。天聰五年（1631年）六月，皇太極設立吏、戶、禮、兵、刑、工六部，各部中均設蒙古承政一員，負責處理有關蒙古的事務。至崇德元年（1636年），漠南蒙古歸順清朝，其管理事物也越來越多。此時，各部的承政已經遠不能滿足管理蒙古事務的需要，於是，於“崇德元年，設蒙古衙門，置承政、參政各官。” “以尼堪和塔布囊達雅齊為承政，令置若干參政”，負責蒙古各部的編旗、會盟、賞賜、司法等事務。至此，理藩院的前身蒙古衙門正式創立。“蒙古衙門初設時，有承政三四員，其餘皆為參政，官止二等”。

蒙古衙門的創立不僅使清朝有了管轄蒙古事務的專門機關，其作為理藩院的前身也對日後理藩院的發展和壯大有著重大意義。正如《清史稿》所述“理藩一職，歷古未有專官，唯周官大行人差近之。秦漢以降，略存規制。遐荒絕漠，統治王官，為有清創製。”崇德三年（1638年）更名理藩院。可見，理藩院開創了專管少數民族機構的先河。

順治元年（1644年），改置理藩院尚書、侍郎；順治十六年（1659年），定以禮部尚書兼掌院事，侍郎銜協理院事。順治十八年（1661年），定官制同六部，理藩院尚書亦入議政之列，班居工部之後。順治十八年（1661年）正月，康熙帝即位后，清朝統治者認為：理藩院專管外藩事務，責任重大，“今作禮部所屬，於舊制未合。嗣後不必兼禮部銜，仍稱理藩院尚書、侍郎，其印文亦著改正鑄給” 。同年八月設立理藩院四司，即錄勛司、賓客司、柔遠司、理刑司。九日，又以康熙帝名義曉諭吏部：“理藩院職司外藩王、貝勒公主等事及禮儀刑名各項，責任重大，非明朝可比，凡官制體統應與六部相同，理藩院尚書照六部尚書，入議政之列。該衙門向無郎中，今著照六部，設郎中官”。吏部於是議定：“理藩院”應增設各司郎中共十一員，員外郎共二十一員”，“理藩院尚書銜名列於工部之後” 。

康熙四十年（1701年），理藩院柔遠司劃分為柔遠前司和柔遠后司。理藩院在雍正年間曾酌量增加一些辦事人員。雍正帝即位初曾以廉親王胤禩為理藩院尚書，又命裕親王保泰辦理理藩院事務，此即“以王公大學士兼理院事” 。雍正七年（1730年）十一月，根據雍正帝“八旗游牧地方，甚屬緊要”的諭示，理藩院又設置了巡按游牧御史。雍正十年（1732年），又復設滿洲筆帖式十七人，蒙古筆帖式十四人，分隸各司。

乾隆二十二年（1757年），理藩院組織機構趨於完善，改錄勛司為典屬司，賓客司為王會司，柔遠后司為旗籍司，柔遠前司仍為柔遠司。清政府平定霍集占兄弟叛亂后，乾隆二十六年（1761年），乾隆帝又諭示軍機大臣：“理藩院專管蒙古事務，尚可兼辦回部。著將理藩院五司內派出一司，專辦回部事務”。於是，理藩院司屬機構再行調整，並旗籍、柔遠為一司增設徠遠司專管回部事務。乾隆二十七年（1762年）閏五月，鑒於原徠遠、旗籍“兩司所辦事件各有不同，若責成不專，恐辦理日久，不免桝錯弊” ，旗籍、柔遠仍分為兩司。乾隆二十九年（1764年），因旗籍司、典屬司“就其執掌、按之司名，究亦未符” ，便再次改典屬司為旗籍司，其舊旗籍司仍為典屬司。至此，理藩院共設旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑等六司及其他單位。此組織形態，迄清末法制改革為止未有改變。

康乾時期是清朝統一多民族國家歷史發展中風雲激蕩的年代。這一時期，清王朝中央政權加強了和蒙古、新疆、西藏等少數民族居住地區的聯繫，各民族之間的的交往日益密切。同時，噶爾丹、阿睦爾撒納、大小和卓相繼反清或叛清。理藩院作為清王朝管理少數民族地區事務的中央機構，在康乾時期，正是在處理錯綜複雜的民族事務中，在解決清中央政權和少數民族的關係中逐漸發展和日益完善的。所以，康乾時期理藩院組織機構的發展變化，和清王朝統一多民族國家的鞏固發展息息相關。日益完善的理藩院機構，又促進了清朝統一多民族國家的鞏固和發展。

嘉慶（1796年—1820年）時期直至宣統三年（1911年）辛亥革命爆發，理藩院人事和建制經歷了頻繁變革。嘉慶四年（1799年）裁掉滿洲郎中、員外郎各一人。嘉慶七年（1802年）木蘭圍場隸熱河都統。道光十四年（1834年）添設喇嘛印務處貼寫筆帖式二人，學習筆帖式四人。

晚清理藩院的另一大變化，表現在喪失了對俄國的外交職能。在咸豐八年（1858年）《天津條約》簽訂后，清廷便喪失了對俄的外交職能。《天津條約》規定“嗣後兩國不必由薩納特衙門及理藩院行文，由俄國總理各國事務大臣，或徑行大清之軍機大臣，或特派之大學士，往來照會”。從此，俄國照會專送清朝軍機處，不再通過理藩院。此時理藩院處理對俄事務的職能已大為削弱，但還未喪失殆盡。

理藩院對俄國交涉職能的 全部喪失，是在清朝政府成立“總理衙門”之後。《北京條約》簽訂后，西方列強希望清廷能設立一個專門負責外交事務的中央機構，英國使館秘書威妥瑪就曾表示清朝“如能設立專辦外國事處地方，則數十年求之不得”。當時清政府正處於內憂外患的窮迫中，內有太平天國起義，外有列強瓜分，而當時慈禧等領導人認為攘外必先安內，於是決定向列強妥協，於咸豐十一年（1861年）設立了總理衙門。總理衙門統辦清朝對外通商和交涉問題，其內部組織中的俄國股負責與俄國的陸路通商、邊防疆界、禮賓慶典諸事。總理衙門的設置，也標誌著理藩院外交職能的全部喪失。

光緒三十二年（1906年）9月1日，光緒帝發布上諭宣布預備立憲以挽救風雨飄渺的清王朝。諭中認為，要改變“政令積久相仍，日處陸險，優患迫切”的局面，惟有“仿行憲政”，而“廓清積弊，明定責成，必從官制入手。”不久，光緒帝奉慈禧懿旨，再次發布上諭，宣布正式釐訂中央新官制，“理藩院著改為理藩部。 ”光緒三十三年（1907年），清廷提出了理藩部組織機構的調整計劃，欲將滿檔房、漢檔房、俸檔房、督催所等合併，改為領辦處；蒙古學擴充為藩言館，以培養精通蒙語的人才；司務廳、當月處、銀庫、飯銀處、喇嘛印務處均“一仍舊制”，採取原來的制度。光緒三十四年（1908年）因蒙古來覲見王公多年不居住內外館，內外館監兩職被裁撤。宣統三年（1911年），清政府內閣官制改組，成立責任內閣，理藩部與其它部一樣，尚書改稱大臣，侍郎改稱副大臣。

理藩院改為理藩部，是“清末新政”中“改革官制”的一個環節。表面看來是實施新政，實則清廷在內憂外患中的一項無奈之舉。改定官制后的理藩部和之前的理藩院實質上並未有所區別。原理藩院旗籍、典屬、王會、柔遠、徠遠、理刑六司的職掌也並未變化，其改變只不過是把理藩院的“院”字改成了“部”字。光緒末年理藩院組織機構的變化，是清政府對抗人民革命運動、延緩清王朝的政權壽命而採取的眾多措施中的一環。顯然，這種變化在性質上和清代前期的歷次變化是不同的，也並未取得任何積極效果。

辛亥革命爆發后，清朝覆滅，理藩部機構也隨之瓦解。民國元年（1912年）清帝退位后，理藩部改為蒙藏院，由內蒙古郡王貢桑諾爾布任總裁。

民國三年（1914年），袁世凱廢除《中華民國臨時約法》，頒布了《中華民國約法》，蒙藏事務局也隨之改為蒙藏院。民國十六年（1927年），國民政府成立於南京，正式組成五院制國民政府。在最高行政機關行政院下，設蒙藏委員會，代替從前的蒙藏院，掌管蒙古、西藏行政及其他各項事務。從此，理藩院也徹底退出了歷史的舞台。

• 管理會盟

清朝蒙古地區存在著許多“盟”和“旗”，他們既是政權組織，又是軍事組合和社會組織。每旗設札薩克（旗長）等官員管理，一旗或數旗合為一盟，設盟長和副盟長。這就是盟旗制度，盟旗制度是滿洲貴族創建的八旗制度的形式，充實以蒙古族緣由的社會制度具體內容的產物。清政府通過理藩院管轄各盟旗。盟旗制度下的盟指的是會盟制度。清政府規定，一旗或多旗合為一盟，在指定地點會盟。每盟設盟長一人，辦理會盟事務。盟長由本盟內札薩克中選人，上報理藩院，由理藩院任命人選，頒給印信。會盟的主要內容為“理清刑名，編審丁籍”，會盟的禮節十分隆重，屆時清政府要派大臣帶隨行官員前往。

漠南蒙古各盟，盟長各於所屬三年一會。雍正六年（1728年），漠南蒙古每盟增設副盟長一人，協同盟長辦事。喀爾喀蒙古（漠北蒙古），從雍正三年（1725年）開始，清政府不再派大臣參加，而由西寧辦事大臣負責把會盟情況轉報理藩院查核，“如各盟長有違例不公事件，一經告發，或別經參奏，由院再行奏請特派大臣前往辦理” 。清朝以理藩院管理蒙古族各部的盟旗，目的是加強對蒙古族各部的統治，在客觀上有利於蒙古族社會的穩定，從而維護中央政府的統治。

• 稽查戶丁

稽查戶丁是理藩院為掌管地區人口和滿足兵源的一項行政職能。按照《理藩院則例》之規定，蒙古地區十八至六十歲皆應登記入冊。每隔三年一次稽查，先由理藩院請旨，發給各旗空白造冊，再由各旗首領其將三年內裁添人丁數目詳細登記載入，在十月內報理藩院。

在編審比丁時，隱瞞戶口之事常有發生，故《理藩院則例》規定，內外札薩克各旗審丁時，數目開載不全，后雖聲明，仍照隱丁例辦理。隱瞞比丁分別懲罰。如有隱瞞人丁情況發生，不僅要扣管旗之親王、郡王、貝勒、貝子、公、札薩克台吉、塔布囊三個月俸祿，還要將被隱瞞的人丁記錄在案。不慎漏計人丁的，對漏記人及相關者都要處以罰畜的懲罰，並且獎勵舉報人。

• 徵收稅款

理藩院還具有徵收稅款職能。邊疆少數民族地區的稅款徵收原本是由地方官辦理的，但由於地方官徵收的標準和數量難以統一，乾隆帝決定把徵稅職權收歸中央，由理藩院派專員前往徵稅。乾隆十七年（1752年）准奏：“八溝東西二街稅銀，於乾隆十四年（1749年）奏准交地方官徵收。東街所征各項稅銀，每年賞給喀喇沁札薩克王等，養贍窮乏蒙古。今該札薩克呈報東西二街稅銀，該地方官徵收多寡不一，請將賞給東街稅銀，仍照舊例交該旗自行徵收。其事難行。惟是各處收稅，均設專官經理，今八溝初定收稅章程，交地方官永遠辦理，二街稅銀，難免參差，蒙古人心，亦不能遵服。應將地方官徵收之處停止，於本院司官內簡選幹員，擬定正陪引見，前往徵稅，所收稅銀，於十分內賞給該旗三分，以為養贍蒙古之用。”

• 卡倫和驛站管理

清代蒙古各部曾設置許多卡倫和台站。在領導體制方面，在中央機構中，主要由理藩院進行管理，具體地說，理藩院旗籍掌考漠南蒙古地區，典屬負責漠北、漠西蒙古地區、滿檔房負責派往管理驛站的官員；同時，亦以兵部協助理藩院負責監督檢查。

清代蒙古地區的驛道稱為台站。因區域不同，清代蒙古台站可分為漠南蒙古、漠西蒙古和漠北蒙古三部分，他們是在清朝多民族國家發展的不同時期逐漸形成的。康熙中期，為迅速平定噶爾丹內亂，更具轉運物資和傳遞軍報的需要，清政府在漠南蒙古地區開始大規模設置官方固定驛站。康熙三十一年（1692年），康熙帝諭示：為“不致遲延誤事”，“設立驛站”。康熙三十一年（1692年）三月，由理藩院尚書班迪等前往漠南蒙古親自籌劃。

理藩院大臣早在順治時期就已經參政議政，康乾時期更是參與軍事行動的策劃工作。參與多倫會盟、平定準噶爾叛亂等一系列國家軍政大事的籌劃工作。在雍正年間，理藩院侍郎佛保被授為內閣學士。乾隆時理藩院尚書納延泰先為軍機大臣，繼則又兼議政大臣；理藩院尚書索林、侍郎慶桂或任庫倫辦事大臣，或為伊犁參贊大臣。

理藩院對各盟旗下的軍用物資定期進行簡約管理，乾隆四十年（1775年）議定：“內札薩克六盟各旗兵丁軍裝器械，每三年一次，該盟長等會集點檢有無殘缺，及兵丁駝馬數目，造具細冊，聲明報院核查辦理。”對於軍器的買賣，也不得私下進行，都要報理藩院並由理藩院開具出口信票后才能進行交易。康熙二年（1663年）題准：“蒙古人買軍器帶往者，令札薩克王、貝勒、貝子、公等，詳開某佐領下某人、買何器械、數目若干，具文差官報院。不差官不詳開者，不準給出口信票。” “蒙古王、貝勒、貝子、公等，欲向歸化城買馬駝者，報院轉奏請旨，本院給印文令往，不得擅刑。”

司法職能是理藩院的又一重大職能，據記載：“臣院綜理內外蒙古、回部事務，凡蒙古、回部升降襲替、戶婚田土、年班朝覲、倉糧軍政以及議處議敘，並命盜案件，均關緊要。” 《乾隆朝會典》中也規定“青海、厄魯特、西藏、準噶爾之地，咸入版圖，其封爵、會盟、屯防、游牧諸政事，厥有專司。可見，作為管理邊疆民族特別是蒙古、回疆及西藏事務的中央機構，理藩院管轄著蒙古、回疆和西藏地區的民事、行政和刑事等各項案件。

理藩院是清代蒙古及回疆地區的上訴機構，掌管著一般的刑事、民事案件，對於大多數的普通案件來說，其具有終審權。順治八年（1652年）理藩院奏請獲准“外藩蒙古人有訟，赴各管旗王、貝勒等處申告，若審理不結，令協同會審旗分之王、貝勒等公同審訊，仍不結，王等遣送赴院。”這表對於民事案件，理藩院具有獨立的終審權。

理藩院的秋審權與其他民事、刑事案件的管轄權有所不同，與重大命案需要三法司會審式案件的管轄權也有所不同，由於秋審本身具有一定的象徵意義，所以理藩院的秋審權也更多的是一種形式主義。關於理藩院所管轄少數民族區域的秋審案件，均由理藩院會同九卿進行秋審複核。

理藩院的外交職能，主要是兼管位於西北兩方陸路上合清朝相鄰國家的外交事務，例如安集延、馬兒格朗、霍罕、巴達克山等。其中，理藩院處理和俄國的關係，在其外交事務中佔有重要內容。理藩院管理對俄事務，主要包括三個方面：協調兩國的外交關係，負責兩國的貿易往來，管理在京的俄國人員。

在清朝前期，在對俄交涉中理藩院處理了許多比較重大的事件。康熙十五年（1676年）五月，沙俄政府派遣尼果賴使團到達北京。在使團進入中國東北境內時，清政府的代錶針對沙皇俄國的侵略行徑，向尼果賴嚴正指出“你們的人為數達三百人之多，直到最近還武裝侵犯我國邊境的村屯，圖謀擄掠人口和進行洗劫” 。儘管尼果賴拒絕清政府提出的停止領土侵略的要求，清政府還是給他以禮遇。同時，理藩院曉諭他“爾主欲通和好，應將本朝通逃根武木爾遣還，另簡使臣，遵中國禮行，方許照常貿易” 。在尼果賴返回俄國后五、六年間，沙俄對黑龍江流域的侵范由上游擴及到中、下游地區和額爾古納河東岸，康熙二十二年（1683年）秋，康熙帝諭理藩院尚書阿穆瑚琅說：“鄂羅斯國羅剎等，無端犯我索倫邊噓，擾害良人，肆行搶稱，妥魁根成木爾等逃人，過惡日甚” ，“爾院即遵旨，明白具文，選招降羅剎內宜番、米海羅莫羅對，執書曉諭，彼有何言，令其回奏”。說明理藩院對於俄羅斯對中國北境進行侵略滲透時，是具有具體交涉和研究俄國事務的作用的。理藩院遵照康熙諭旨，擬文派遣俄俘往雅克薩等處投遞。

清朝統治者從皇太極到乾隆，一向對喇嘛教採取利用態度，作為麻醉人民的精神鴉片，為鞏固其封建政權服務，正如昭槤所說：“國家寵幸黃僧，並非崇奉其教，以祈福祥也。襖以蒙古諸部敬信黃教已久，故以神道設教，藉仗其徒，使其誠心歸附，以障藩離。”清朝統治者在利用喇嘛教方面採取了籠絡喇嘛教上層人士和修建喇嘛廟兩種措施，並以對喇嘛加以恩惠的手段控制當地人民。理藩院管理喇嘛事務，主要包括：

（1）登記造冊喇嘛呼畢勒罕。“凡喇嘛有行者，能以神識轉生於世，日呼畢勒罕。”所有喇嘛都是由呼畢勒罕轉生而來，需經理藩院登記。

（2）掌管金瓶掣籤。達賴、班禪既是西藏的行政長官，又是宗教領袖，死後被認為還要轉生，由死時的出生嬰兒（靈童）繼承職位。由於制度不嚴，往往出現數個“靈童”，引起繼承權之爭。加之大農奴主往往操控此事，積弊甚深。清政府為解決這一矛盾，規定凡出現兩個以上“靈童”，便採取金瓶抽籤的方法，中籤“靈童”為合法繼承人，這就是“金瓶掣籤”制度。理藩院負責對金瓶掣籤的掌管，以維護達賴、班禪轉生的合法性。

（3）辦理喇嘛的朝覲，在京喇嘛的等級考核、職位升降、調補以及修建寺廟等。

乾隆年間，由清政府所建的喇嘛教寺院由理藩院負責，當時理藩院負責管理的40座寺院，有32座建在北京；在承德避暑山莊的有12座（溥仁寺、溥善寺、普寧寺、普佑寺、安遠廟、普樂寺、普陀宗乘之廟、廣安寺、殊像寺、羅漢堂、須彌福壽之廟、廣緣寺）也歸理藩院進行管理。其中，羅漢堂、廣安寺、普樂寺三個廟，朝廷“向未安設喇嘛”，由內務府管理；而溥仁寺、溥善寺、安遠廟、廣緣寺、普佑寺、普寧寺、須彌福壽之廟、普陀宗乘之廟、殊像寺9座廟設8個管理機構（普佑寺附屬於普寧寺）由朝廷派駐喇嘛，京師理藩院管理並逐月按人數由理藩院發放餉銀，清正史文獻將這9座寺廟稱“外廟”，后俗稱“外八廟”，這也就是現在承德避暑山莊外八廟的由來。

理藩院分院司兩級，院部有尚書、左右侍郎和額外侍郎為最高領導，下屬機構有六司一廳三房，即旗籍清吏司、王會清吏司、典屬清吏司、柔遠清吏司、徠遠清吏司、理刑清吏司六司；司務廳；滿檔、蒙古、漢檔三房；還有機關服務機構，入銀庫、當月處、餉銀處和督摧處；此外有附屬機構內館、外館、俄羅斯館等。對地方的派出機構，設有神木理事司員、寧夏理事司員、熱河都統衙門、理事司員等十二司員。理藩院內除眾多完備的輔助機構外，還置有民族語言學校，如唐古特學，掌教習唐古特藏文，翻譯藏文章奏文稿。拖忒學，掌翻譯托忒文字，由唐古特學習業助教兼管。蒙古官學，掌教習蒙文，培養蒙文翻譯。

理藩院設尚書滿洲一人，左右侍郎滿洲各一人，額外侍郎蒙古一人。尚書是理藩院的最高領導，管理院內一切事實：“掌外藩之政令，制其爵祿，定其朝會，正其刑罰。尚書侍郎率其屬以定議，大事之上，小事則行，以布國之威德”。 “尚書掌內外藩蒙古、回部及諸藩部，制爵祿，定朝會，正刑罰，控馭撫綏，以固邦翰”，“侍郎二之”，即侍郎僅次於尚書，是理藩院的第二領導。

• 旗籍清吏司

郎中滿洲三人蒙古一人，員外郎滿洲三人，蒙古四人，承辦札薩克事務：其一，執掌內札薩克的地域事務，內札薩克即漠南蒙古有二十四部、四十九旗。其二，還掌握蒙古各部的封爵事務；其三，理清蒙古各部譜系；其四，執掌蒙古部眾會盟，設置盟長、副盟長各一人，由札薩克請簡；其五，軍旅郵傳；其六，也管理游牧各部內屬的部眾，歸化城土默特、黑龍江布特哈都歸屬其管理。

札薩克即旗長，內蒙古有二十四部、四十九旗。爵分六等：親王、郡王、貝勒、貝子、鎮國公、輔國公。旗籍司承辦漠南蒙古（內蒙古）二十四部封爵、會盟及為歸化城、鄂倫春、索倫除授官校等事。

• 王會清吏司

郎中滿洲蒙古各一人，員外郎滿洲三人，蒙古二人。具體執掌內札薩克的典禮事宜，主要是朝覲、貢獻等儀式。王會司初稱賓客司，主要承辦漠南蒙古各部王公的朝覲、賜祿等事。

• 典屬清吏司

郎中滿洲蒙古各一人，員外郎滿洲五人，蒙古四人。主要承辦喀爾喀四部落，西藏、青海等地民族事務，屬外札薩克事務，其具體職責是：其一，考核外札薩克各部旗的封爵事務；其二，管理各部盟會；其三，設置郵驛，頒發屯田、互市的政令；其四，兼管游牧部族內屬的部眾。

• 柔遠清吏司

郎中滿洲一人，員外郎滿洲二人，蒙古三人，主事蒙古一人。也系外札薩克事務，掌治外札薩克部眾，只要是喇嘛、番僧、祿廩、朝貢等事務，他們的朝覲、典禮事務都需要管理。

• 徠遠清吏司

郎中蒙古一人，員外郎滿洲蒙古各二人，主事滿洲蒙古各一人。主要負責回疆事務，即新疆哈密、吐魯番地區的民族事務，其具體職責為：掌回部札薩克的政令，他們回番的時候都要管理，還參與藩部的朝貢。

• 理刑清吏司

郎中滿洲蒙古各一人，員外郎滿洲蒙古各三人，主事滿洲一人。掌蒙古、其他少數民族以及回部的刑獄爭訟，負責內外札薩克以及回疆的刑事案件。

• 其他

銀庫，郎中、員外郎、司庫滿洲各一人，庫使、筆貼式滿洲各二人。執掌金銀出納。

• 司務廳：司務滿洲蒙古各一人，題署主事滿洲三人，蒙古五人。掌院吏員、通事、差役事務，收內外札薩克及各省督撫衙門文書；

• 蒙古翻譯房：員外郎、主事各一人。掌蒙文翻譯及蒙文題本事件；

• 滿檔房：堂主事滿洲一人，蒙古三人，筆貼式滿洲四人，蒙古六人，經承四人。掌院奏摺及人事；

• 漢檔房：堂主事滿洲漢人各一人，筆貼式滿洲七人、蒙古六人，經承三人，校正漢文官二人，掌繕寫題本及翻清譯漢與保管檔案；

• 飯銀處：司員滿洲蒙古各一人，帖寫書吏一人，掌本院額定出入飯銀及其他經費開支；

• 俸檔房：堂主事滿洲蒙古各一人，筆貼式滿洲蒙古各四人，掌全院官員額定俸銀俸米開支等事；

• 當月處：由各司郎中、員外郎、主事輪流值班，掌收在京衙門文書；

• 督催所：滿蒙司員各一人，筆貼式十六人，經承二人，掌稽查全院文移、註銷等事；

• 唐古特學：司業，助教各一人，筆貼式蒙古四人，教習唐古特文字（藏文），翻譯藏文章奏文稿；

• 內外館：稽查監督二人，管理來京蒙古人；

• 俄羅斯館：助教滿洲漢人各一人，監督、提調官、領催各一人，管理俄羅斯在京商人、傳教士、學生諸事；

• 托忒學：由唐古特學司業、助教兼管，另設學務司員二人，教授拖忒文字；

• 蒙古官學：助教一人，學務司員、教習各二人，教習蒙文，培養蒙文翻譯等；

• 喇嘛印務處：掌印大喇嘛一人，看守印務德木齊四人，負責京師地區等喇嘛事務；

• 則例館：纂修官四人，校對官八人，翻譯官、謄寫官各十人，負責修纂《理藩院則例》。

康乾時期，草原民族的事務，尤其是蒙古事務比較繁忙。為此，清政府於乾隆五十四年（1789年）制定了《蒙古則例》，但由於當時的歷史條件，到嘉慶初年已經不能適用。於是，在嘉慶二十年（1815年），理藩院向朝廷奏報加以修改。《理藩院則例》是清朝治理蒙古族和西北地區其他少數名族的綜合性民族法規，但據《理藩院則例》原修則例原奏，清初很久一段時間內並沒有刊版《理藩院則例》。順治、康熙年間，理藩院有舊例209條，但多系遠年成例及軍政會盟諸款，不是則例。乾隆五十四年（1789年），理藩院奏旨修編則例。因人員不足，未能成行，故該院辦理事件，仍多援引稿案本。嘉慶十六年（1811年）四月十八日，理藩院奏請增訂則例，鑒於“舊有滿洲蒙古漢字則例二百九條自乾隆五十四年（1789年）校訂后迄今二十餘載，所有欽奉諭及大臣等陸續條奏事件俱末經纂入頒行”，特“請將自乾隆五十四年以來應行纂入案件增修纂入，永遠遵行……予限三年告竣”。

《欽定理藩院則例》共64卷713條，分作“通例”和“旗”兩大部分。通例僅上、下兩卷，而旗分有五十門，名稱如下：旗分、品秩襲職上下、職守、設官、獎懲、比丁、地畝、倉儲、征賦、俸銀俸緞、廩給上下、朝覲、貢輸、宴賚上下、扈從事例上中下、儀制、印信、婚禮、賜祭、旌表、優恤、軍政、會盟、郵政上中下、邊禁、人命、強劫、偷竊上下、發冢、犯奸、略買略賣、首告、審判、罪罰、入誓、疏脫、捕亡、監禁、遞解、留養、收贖、遇赦、違禁、限期、雜犯、喇嘛事例一至五、西藏通制上下、俄羅斯事例。

《理藩院則例》的制定，是清朝管理邊疆地區的法律依據，提供了用法制管理少數民族事務的成功經驗。

《欽定回疆則例》是除《理藩院則例》外理藩院制定的另外一部重要法律，其適用範圍主要是回疆地區。在理藩院修訂《理藩院則例》的同時，於嘉慶十六年（1811年）理藩院又上奏清帝：“查得臣院承辦回疆事件內所有欽奉諭旨及臣工條奏積案繁多，未便頒發遵行。”后經嘉慶諭准，開始編纂《回疆則例》。嘉慶十九年（1814年）修成后，嘉慶二十年（1815年）刊刻，下令理藩院“應刷頒發回疆等處，永遠遵行” 。之後到道光年間，由於張格爾叛亂暴露出眾多問題，清政府不得不對《回疆則例》進行調整，於道光十七年（1837年）做了修纂，直到道光二十二年（1842年），才正式由政府頒行。

《欽定回疆則例》由原奏和正文兩部分組成。原奏詳細說明了編纂、修訂的緣由和刊印、頒行的具體過程。正文八卷，主要內容涉及關於伯克制的任免、執掌、品秩、編製、待遇、升遷、迴避、朝覲等規定，維吾爾回子王公、四川土司、哈薩克部、布魯特部及浩罕等番的朝覲、爵位承襲、貢獻、廩給，回疆的駐軍、屯田、貨幣、度量衡、婚姻、服飾等方面的制度也作出了或簡或繁的規定。《回疆則例》中，涉及行政法有79條，刑法30條，經濟、訴訟法等25條。

理藩院對於清朝的統治有著重大意義。正如康熙帝所說：“理藩院專管外藩實務，責任重大”。秦漢至明代，中央政府管理藩屬地區的機構，有典客、鴻臚卿負責接待藩屬來使的朝賀，由吏部、戶部、兵部分管藩屬的其餘事務，在中央政府並沒有統一管理藩屬諸事務的機構。“理藩一職，歷古未有專官，唯周官大行人差近之。秦漢以降，略存規制。遐荒絕漠，統治王官，為有清創製。”

理藩院的設置，使得清朝中央政權有了統一管理藩屬事務的機構。它不僅與六部並列，而且管理院務大臣在滿人中“特簡大學士為之”，其地位遠在六部尚書之上。《清史稿》中說“明之藩衛，虛有名字，蓋未可以同年而語”，這不僅表明了清朝對理藩院的重視，也說明了清政府對藩屬地區的管理，比清代以前確實是有效加強了。

首先，理藩院的設立及其對少數民族的管轄對清軍入關及其之後統一全國起到不可忽略的作用。明朝的腐敗導致這一時期國家分裂，戰亂不止。在當時，統一為大勢所趨，人民所想。清朝之所以能完成統一大業，除了軍事因素外，還有與少數民族採取同盟政策的政治因素。清朝把漠南蒙古作為其可靠的政治後援和同門，並設立蒙古衙門加以管理，為其統一掃除後患，奠定基礎。理藩院設立后，清朝立即遣官前往，“稽戶口，編牛錄，漱庶獄，頒法律，禁奸究”。不僅有利於維持蒙古地區的秩序，也安定了其後方，使之可以一心對抗即將沒落的明朝。同時，清政府通過理藩院對蒙古地區的管理，與蒙古結成政治和軍事同盟，這對清朝統一全國的意義重大，如果沒有理藩院，清朝的入關一統也不會來的如此順利。

其次，理藩院促進和鞏固了清代多民族國家的發展。清代是中國歷史上又一次民族大融合時期，國家在此時期快速發展，理藩院作為歷朝歷代的首個專管少數民族事務的中央機構，將維護統一的功能發揮的淋漓盡致。康熙二十五年（1686年）四月，當喀爾喀蒙古土謝圖、札薩克圖兩汗發生衝突后，理藩院出面調停，促使其“盡釋舊怨”，“交相揖睦，共享昇平” 。在噶爾丹發生叛亂后，理藩院立即將情況如實上奏，並負責安排喀爾喀蒙古各部生計，維持當地秩序。理藩院安排組織下的“多倫會盟”，使中國北部邊疆得以安定。正如康熙帝說“昔秦興土石之工，修築長城。我朝施恩於喀爾喀，使之防備朔方，較長城更為堅固”。不可否認，沒有理藩院的有效管理，就沒有中國北部邊疆的安定有序。這又為粉碎噶爾丹叛亂活動和抵禦沙俄入侵提供了條件。理藩院自順治到乾隆年間，其機構不斷增加和完善，分工逐步細緻，職能愈發全面，從行政到刑事、民事；從管理朝覲到司法、軍事均經過一個長期的發展過程，這對維護少數民族尤其是蒙古地區的穩定起到了非同小可的作用，在維持少數民族地區的發展和中央政權的穩定的同時，也促進了多民族國家的融合統一。

再次，理藩院在清朝前期充分發揚了大國本色，抵制了沙俄的侵略擴張，維護了清王朝的國家主權和統一。在沙俄屢犯中國邊境的情況下，理藩院多次出面交涉，代表清政府指斥沙俄的侵略行徑，為雅克薩之戰的勝利和驅逐沙俄侵略者準備了條件，維護了中華民族的尊嚴和中國的主權。

最後，理藩院的民族立法為清朝管理邊疆地區提供了法律依據和用法制管理少數民族事務的成功經驗，充分顯示了一個多民族的統一國家在民族立法方面所取得的成就，對這一時期邊疆地區的安定和對民族法律學發展做出了巨大貢獻。